扬州市疾病预防控制中心是在市卫生局领导下的副处级全民事业单位(同时挂扬州市卫生检测中心牌子)，组建于2003年1月，是负责全市疾病预防与控制、突发公共卫生事件应急处置、疫情及健康相关因素信息管理、健康危害因素监测与控制、实验室检测分析与评价、健康教育与健康促进、技术指导与应用研究、科学研究的技术服务中心，也是南京医科大学、南通医学院、蚌埠医学院本科和硕士教学实习基地。
扬州疾控中心内设急性传染病防制科、职业病防治科(健康监护科)、艾滋病防制科、综合卫生监测科、预防医学门诊部、血吸虫病防治所、健康教育所、皮肤病性病防治所、慢性非传染病防制科、慢性传染病防制科、开发区分中心、检验科、免疫规划科等13个业务科室 ;有办公室、财务科、质量与信息管理科等3个职能科室。2004年扬州市医学检验中心并入疾控中心，目前纳入预防医学门诊管理。中心现有卫技人员112余人，其中高级职称占32%以上，中级职称占50%，有5人次获得过国家级荣誉，有28人次获得过省级荣誉，有22人次获得过市级荣誉。中心拥有气质联用仪、全自动荧光酶标免疫测试系统、全自动生化分析仪、原子吸收分光光度计、高效液相色谱分析仪等精密仪器设备，建有千级微生物检验净化室、二级生物安全实验室、艾滋病筛查中心实验室、生物测试室，基因自动分析实验室(pcr)，可进行艾滋病等病毒培养和检测、微生物检验和鉴定、微量或超微量元素化学分析、放射剂量测定、环境卫生质量检测等高难度的检验分析。亦可进行千余次临床检验检测服务。2006年获市卫生局临床重点专科实验室建设贡献奖。
扬州疾控中心是江苏省疾控系统唯一的中国科协工程学联合会“室内空气质量”专业委员会委员单位;中心是国家认可实验室，出具的检验检测报告可得到美、日、英、德、法等50多个国家和地区的承认;中心是市属单位唯一具有职业卫生技术服务资质的单位。